Study of the resistome of human microbial communities using a targeted panel of antibiotic resistance genes in COVID-19 patients

Full Text

Список сокращений

АБ – антибиотик

АБП – антибактериальные препараты

АБР – антибиотикорезистентность

ГКС – глюкокортикостероиды

КТ – компьютерная томография

ПЦР – полимеразная цепная реакция

ECOG/WHO PS – шкала оценки тяжести состояния пациента (The Eastern Cooperative Oncology Group/World Health Organization Performance Status)

Введение

Антибиотикорезистентность

Устойчивость бактериальной флоры к противомикробным препаратам, возникающая на фоне терапии антибиотиками (АБ), становится одной из значимых проблем медицины XXI в. На распространение устойчивых бактерий во время пандемии влияют такие факторы, как чрезмерное назначение АБ, самолечение и отсутствие диагностических тестов для определения конкретной причины заболевания [1, 2].

По данным крупного исследования по устойчивости к противомикробным препаратам, инициированного премьер-министром Британии в июле 2014 г., антибиотикорезистентность (АБР) может стать причиной летальных исходов до 10 млн человек в год к 2050 г. [3, 4]. Результаты, полученные C. Murray и соавт., указывают на то, что 4,95 млн смертей во всем мире за 2019 г. связаны наличием АБР бактерий к назначаемым АБ [5]. Специалисты Всемирной организации здравоохранения и многочисленные исследователи также подчеркивают, что распространение АБР к противомикробным препаратам является актуальной проблемой, требующей глобального, скоординированного алгоритма действий, направленных на решение складывающейся ситуации [1, 6–9].

Согласно данным специального отчета о влиянии схем лечения COVID-19 в США на устойчивость к противомикробным средствам, опубликованного в 2022 г. [2], до октября 2020 г. почти 80% пациентов, госпитализированных с COVID-19, получали АБ, и только к концу 2021 г. назначения АБ-препаратов (АБП) начали сокращать. По данным W. Cong и соавт. установлено, что общий показатель назначения АБ пациентам с COVID-19 снизился с 82,3 до 39,7% в период с декабря 2019 по июнь 2020 г. и с июня 2020 по март 2021 г. соответственно [6].

Некоторые исследования показали более высокую распространенность бактериальных инфекций с множественной лекарственной устойчивостью у пациентов с коронавирусной инфекцией по сравнению с пациентами, не страдающими COVID-19, особенно в отделениях интенсивной терапии (74,2% против 60,3%; p=0,052) [8]. Согласно систематическому обзору B. Langford и соавт. (2023 г.), частота бактериальных инфекций, устойчивых к противомикробным препаратам, у госпитализированных пациентов с COVID-19 и бактериальными инфекциями составила примерно 60,8%, также установлено, что приблизительно 37,5% бактериальных изолятов тоже проявляли устойчивость [7].

Эти данные подчеркивают необходимость глобальных скоординированных действий для решения проблемы АБР.

Цель исследования – изучение совокупности генов лекарственной устойчивости (резистома) в микробиоме кишечника человека и изменений, происходящих с такими генами на фоне терапии COVID-19 в условиях стационара.

Материалы и методы

Дизайн исследования

В Клиническом центре COVID-19 на базе клинического медицинского центра «Кусково» ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» проведено проспективное сравнительное исследование в 2 параллельных когортах (группах).

В исследование включены 60 пациентов, госпитализированных в период с апреля по июнь 2021 г. с верифицированным диагнозом COVID-19 на основании лабораторно подтвержденной детекции РНК вируса SARS-CoV-2 с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) в образцах оро-/назофарингеального мазка. Пациенты с подозрением на COVID-19 на основании одних только симптомов или данных компьютерной томографии (КТ) без верификации вируса методом ПЦР в исследование не включались.

Пациенты соответствовали всем перечисленным критериям включения в исследование:

• мужчины и женщины в возрасте от 18 лет с подтвержденным диагнозом «U07.2 Коронавирусная инфекция COVID-19, вызванная вирусом SARS-CoV-2» по данным ПЦР (оро-/назофарингеальный мазок);
• легкая и тяжелая динамика течения коронавирусной инфекции (1–3-я степень тяжести пневмонии по данным КТ);
• подписанное добровольное информированное согласие на участие в исследовании.

Пациента не включали в исследование или исключали из него, если он соответствовал хотя бы одному из приведенных критериев невключения/исключения:

• злокачественные новообразования любой локализации;
• хронические заболевания печени инфекционной и неинфекционной этиологии;
• хронические заболевания почек;
• хроническая печеночная и почечная недостаточность;
• системные и аутоиммунные заболевания;
• сопутствующие тяжелые соматические и психические патологии;
• беременность;
• участие в другом клиническом исследовании в настоящее время или в последние 30 дней;
• любые другие причины медицинского и немедицинского характера, которые, по мнению врача, могут препятствовать участию пациента в исследовании.

Пациенты распределялись на 2 группы исходя из тяжести течения заболевания на пациентов со стабильной динамикой, более легким течением заболевания (группа 1) и пациентов с более тяжелым течением и эпизодами отрицательной динамики (прогрессирование пневмонии по данным КТ, развитие осложнений заболевания, перевод пациентов в отделение реанимации и интенсивной терапии, летальный исход, клинические состояния, требующие усиления фармакотерапии и применения интервенционных методов лечения, включая дополнительную инсуффляцию кислорода и искусственную вентиляцию легких – группа 2); рис. 1.

 

Рис. 1. Распределение пациентов по группам.

Fig. 1. Distribution of patients by groups.

 

Критерии оценки тяжести, схемы лечения, как и интерпретация клинических данных, основывались на актуальных на тот момент временных методических рекомендациях от Минздрава России (версия 10, 08.02.2021).

Классификация COVID-19 по степени тяжести

Легкое течение (группа 1): Т тела >38ºС, кашель, слабость, боли в горле; одышка при физических нагрузках; отсутствие критериев тяжелого течения; SpO₂<95%; C-реактивный белок сыворотки крови >10 мг/л, повышение до 60 мг/л; изменения в легких при КТ (рентгенографии), типичные для вирусного поражения; степень поражения КТ-1–2.

Тяжелое течение (группа 2): частота дыхательных движений >30/мин; SpO₂≤93%; PaO₂/FiO₂≤300 мм рт. ст.; снижение уровня сознания, ажитация; нестабильная гемодинамика (систолическое артериальное давление менее 90 мм рт. ст. или диастолическое артериальное давление менее 60 мм рт. ст., диурез – менее 20 мл/ч); C-реактивный белок – повышение >60 мг/л; изменения в легких при КТ (рентгенографии), типичные для вирусного поражения; степень поражения КТ 3–4.

Внутри группы 2 сформированы 4 подгруппы в зависимости от наличия приема АБП: группа 2А (с приемом АБП), группа 2AС (прием АБП до госпитализации), группа 2АD (прием АБП во время госпитализации), группа – 2AE (прием АБП во время и до госпитализации); из когорты выделена группа 2B (без приема АБП).

При анализе данных также учитывалась длительность госпитализации, количество АБП, которые могли назначаться 1 пациенту, и общее количество лекарственных препаратов за весь курс госпитализации на 1 пациента. Длительность госпитализации составляла от 6 до 19 дней в зависимости степени тяжести заболевания.

Образцы

Сбор образцов кала производился у пациентов в момент поступления в госпиталь. Образец кала объемом от 5 до 15 мл помещался в стерильный контейнер и хранился при -70ºС.

Выделение ДНК, подготовка библиотек и секвенирование

Выделение ДНК производилось с помощью набора MagMAX™ Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit и KingFisher™ Purification System согласно инструкции производителя. Выделенная ДНК (100 нг) использована для приготовления библиотек с использованием KAPA HyperPlus Kit (Roche, Switzerland) и KAPA HyperExplore MAX (Roche, Switzerland) согласно инструкции производителя.

Высокопроизводительное секвенирование полученных библиотек выполнено на платформе MGI DNBSEQ-G400 с использованием наборов реагентов MGIEasy Universal Library Conversion Kit (App-A), High-throughput Sequencing Primer Kit-C (App-C), DNBSEQ-G400RS High-throughput Rapid Sequencing Kit (FCS PE100) и DNBSEQ-G400RS Rapid Sequencing Flow Cell (FCS) в соответствии с протоколом производителя.

Контроль качества и деконтаминация

Удаление адаптеров и фильтрация ридов по качеству производилась с применением инструмента Trimmomatic (v.0.39-2) со следующими параметрами: SLIDINGWINDOW:10:20, LEADING:20, TRAILING:20, MINLEN:75. Таким образом, в дальнейшем анализе использовались только риды длиннее 75 п.н.

Для удаления контаминантных последовательностей риды картировались на последовательность генома человека GTCh38 (hg38) с применением инструмента bowtie2 (v2.4.2). Риды, картировавшиеся на последовательность генома человека, удаляли и не использовали в дальнейшем анализе.

Представленность генов АБР

Риды, не картировавшиеся на последовательность генома человека, картировались на референсную базу из 4937 последовательностей детерминант АБР. Последовательности, картировавшиеся амбивалентно на разные гены АР (например, ERMB и ERMF), удаляли и не использовали в дальнейшем анализе.

Для каждого из 646 генов, представленных в 4937 геновариантах, получены значения суммы ридов, картировавшихся на все геноварианты данного гена. Эти значения использовались в дальнейшем анализе дифференциальной представленности последовательностей детерминант АБР.

Производили фильтрацию, в ходе которой отбрасывали редко встречающиеся гены, представленные менее чем в 20% образцов, как неинформативные для проведения сравнительного анализа между группами. В сравнительном анализе использовали 185 генов АБР, присутствующих более чем в 20% образцов.

Сравнение представленности генов АБР между группами пациентов

Мы произвели сравнение групп пациентов «легкое течение» и «тяжелое течение» с применением DeSeq2 (Differential Expression analysis for Sequence Count data) с помощью R-пакета DESeq2. Данный метод позволяет анализировать дифференциальную представленность последовательностей в биологических образцах 2 групп и более. Данный метод использует нормализацию данных, при которой учитываются различия в глубине покрытия каждого образца и дисперсия, также производится поправка на множественные сравнения по методу Бенджамини–Хохберга.

Таргетная панель зондов на основе базы MEGARes 2.0

Разработана таргетная панель зондов на основе базы данных MEGARes 2.0, которая содержит информацию об устойчивости микроорганизмов к противомикробным препаратам. Из базы отобрано 4937 генов, детерминирующих устойчивость к основным АБ, используемым в клинической практике. С использованием панели отсеквенированы образцы мазков фекалий.

Проанализирована совокупность генов устойчивости к АБ в микробных сообществах кишечника (резистом), что позволило определить принадлежность микроорганизмов к определенному классу, порядку, семейству, роду и иногда виду на основе различия в последовательности генов, кодирующих бактериальную рРНК.

Общая длина 4937 нуклеотидных последовательностей составила 4 803 602 п.н. На основе 4937 последовательностей получено 5277 зондов: 4621 последовательность покрыта 1 зондом, 294 последовательности покрыты 2 зондами, 20 последовательностей покрыты 3 зондами и 2 последовательности покрыты 4 зондами.

Лекарственные препараты и схемы лечения пациентов

Перечень лекарственных групп, используемых в стандартных схемах лечения пациентов с диагнозом COVID-19 в больнице «Кусково» ФГБОУ ВО «Российский университет медицины»:

1. Ингибиторы протонной помпы (омепразол).
2. Глюкокортикостероиды – ГКС (дексаметазон).
3. Антикоагулянты (эноксапарин натрия, аторвастатин, гепарин).
4. Муколитики (АЦЦ®).
5. АБП (пенициллины, цефалоспорины, макролиды, фторхинолоны).
6. Противовирусные средства (Арбидол®).
7. Гипотензивные средства (β-адреноблокаторы, ингибиторы ангиотензинпревращающего фермента, блокаторы кальциевых каналов, антагонисты альдостероновых рецепторов).
8. Гипогликемические средства (Актрапид®, инсулин гларгин).
9. Пробиотики (Энтерол®, Линекс®).
10. Анальгетические средства/нестероидные противовоспалительные препараты (парацетамол, Нурофен).

Список АБП, применяемых самостоятельно пациентами до госпитализации: пенициллины, цефалоспорины, макролиды, фторхинолоны.

Стандартная схема лечения для пациентов с легким течением заболевания включала ГКС, муколитик, противовирусное средство, антикоагулянты, нестероидные противовоспалительные препараты, а также другую симптоматическую терапию. У пациентов с тяжелым течением увеличивали дозировки ГКС и антикоагулянтов, при присоединении бактериальной инфекции добавляли АБ.

Статистический анализ

Статистическая обработка данных осуществлялась с использованием специального программного обеспечения MedCalc 22.014 (Бельгия) в среде Microsoft Windows 11 (США). Проверку статистических гипотез проводили с помощью непараметрического U-критерия Манна–Уитни и Т-критерия Уилкоксона, а также параметрического критерия Фишера. Различия между группами считались достоверными при р<0,05.

Результаты

Популяция пациентов

В проспективное сравнительное исследование включены 60 пациентов с верифицированным диагнозом «U07.2 Коронавирусная инфекция COVID-19, вызванная вирусом SARS-CoV-2» согласно критериям включения/невключения. Средний возраст обследованных больных составил 56,0 года (95% доверительный интервал – ДИ 53,8–58,0), в гендерном составе преобладали женщины (n=34, 57%) над мужчинами (n=26, 43%).

Состояние пациентов оценивалось по шкале оценки тяжести состояния пациента по версии ECOG/WHO PS (The Eastern Cooperative Oncology Group/World Health Organization Performance Status) следующим образом:

0 баллов – пациент полностью активен, способен выполнять те же действия, что и до заболевания;

1 балл – пациент не может выполнять тяжелую, но может выполнять легкую или сидячую работу;

2 балла – пациент лечится амбулаторно, способен к самообслуживанию, но не может выполнять работу, более 50% времени бодрствования проводит активно, в вертикальном положении;

3 балла – пациент способен только к ограниченному самообслуживанию, проводит в кресле или постели более 50% времени бодрствования;

4 балла – инвалид, не способен к самообслуживанию, прикован к креслу или кровати;

5 баллов – пациент мертв.

Оценивали также степень поражения легких на основании данных КТ следующим образом: КТ-1 – не более 25% легких вовлечено в патологические процессы, связанные с COVID-19; КТ-2 – не более 50% легких вовлечено в патологические процессы, связанные с COVID-19; КТ-3 – не более 75% легких вовлечено в патологические процессы, связанные с COVID-19; КТ-3 – более 75% легких вовлечено в патологические процессы, связанные с COVID-19.

На основании данных шкалы оценки тяжести состояния пациента по версии ECOG/WHO PS и данных о степени поражения легких (КТ) состояние пациентов ранжировано на «легкое» и «тяжелое» следующим образом (табл. 1, рис. 2). С учетом указанных параметров в группу 1 пациентов отобраны 29 человек, а в группу 2 – 31 больной.

 

Таблица 1. Распределение пациентов 2 групп в зависимости от оценки тяжести состояния пациента по шкале ECOG/WHO PS и степени поражения легких по данным КТ

Table 1. Distribution of patients of study groups depending on the severity of the patient's condition according to the ECOG/WHO PS scale and the degree of lung damage according to CT

Балл ECOG/WHO PS	Степень по КТ	Пациенты, абс.	Степень тяжести состояния пациента
0	1	3	Легкая
	2	1	Легкая
1	1	2	Легкая
2	2	3	Легкая
	3	1	Тяжелая
3	1	20	Легкая
	2	16	Тяжелая
	3	2	Тяжелая
4	1	3	Тяжелая
	2	6	Тяжелая
	3	3	Тяжелая

 

Рис. 2. Распределение пациентов 2 групп в зависимости от оценки тяжести состояния пациента по шкале ECOG/WHO PS и степени поражения легких по данным КТ.

Fig. 2. Distribution of patients of study groups depending on the severity of the patient's condition according to the ECOG/WHO PS scale and the degree of lung damage according to CT.

 

Сравнение представленности генов АБР между группами пациентов

В результате анализа значений покрытия генов с помощью DESeq2 нами выявлено 15 генов, дифференциально представленных между 2 группами с уровнем значимости 0,05. Из них 14 генов перепредставлены в группе тяжелых больных и 1 – в группе легких (табл. 2, 3, рис. 3). Аннотации выявленных детерминант устойчивости и список соответствующих им АБ приведены в табл. 4.

 

Таблица 2. Результаты сравнения представленности генов АБР в 2 группах пациентов методом DESeq2

Table 2. Comparison of the representation of antibiotic resistance genes in two groups of patients using the DESeq2 method

Ген	log2foldchange	Группа	p (значение с поправкой)
ARR	7,37192	2	0,00090996
IBCR	5,80273	2	0,00090996
EFMA	5,74948	2	0,00000201884
FLOR	3,98372	2	0,0164373
MSRC	3,91812	2	0,00227008
ACI	3,61031	2	0,0309283
OXA	3,33427	2	0,00090996
MPRF	3,07489	2	0,0338557
QACE	2,96247	2	0,0327348
ERMR	2,83844	2	0,011262
SAT	2,72467	2	0,00654748
SULI	2,47976	2	0,011262
MVRC	2,20784	2	0,00654748
ACRE	1,91187	2	0,0288561
LSAC	-2,29444	1	0,0243637

 

Таблица 3. Распределение количества прочтений, картировавшихся на 15 генов, дифференциально представленных между группами пациентов

Table 3. Distribution of the number of readings mapped to 15 genes differentially represented between patient groups

Ген	Группа 1		Группа 2
	прочтения		прочтения
	абс.	%	абс.	%
ARR	7	0,0002	38 945	1,2169
IBCR	47	0,0015	48 466	1,5144
EFMA	9869	0,3083	426 536	13,3279
FLOR	1894	0,0592	33 130	1,0352
MSRC	18 669	0,5833	539 004	16,8422
ACI	490	0,0153	14 992	0,4684
OXA	2755	0,0861	57 153	1,7858
MPRF	30	0,0009	1035	0,0323
QACE	1818	0,0568	9892	0,3091
ERMR	4874	0,1523	18 698	0,5842
SAT	12 041	0,3762	383 459	11,9819
SULI	154 412	4,8249	852 222	26,6292
MVRC	2088	0,0652	21 673	0,6772
ACRE	120 379	3,7615	425 264	13,2881
LSAC	372	0,0116	106	0,0033

 

Рис. 3. Значения log2foldchange, полученные в результате анализа с помощью DESeq2. Положительные значения log2FC (справа) соответствуют генам, перепредставленным в группе 2 (тяжелое течение) больных, отрицательные значения log2FC (слева) соответствуют генам, перепредставленным в группе 1 (легкое течение) больных.

Fig. 3. The log2foldchange values obtained from the DESeq2 analysis. Positive log2FC values (right) correspond to genes overrepresented in group 2 (severe) patients, and negative log2FC values (left) correspond to genes overrepresented in group 1 (mild) patients.

 

Таблица 4. Выявленные детерминанты устойчивости и список соответствующих им АБП

Table 4. The identified determinants of stability and the list of corresponding antibacterial drugs (ABDs)

Ген	Группа АБ	Механизм устойчивости (по базе MEGARes)	Число геновариантов в базе MEGARes
ARR	Рифампицин	Rifampin_ADP-ribosyltransferase	16
IBCR	Устойчивость к ряду соединений	MDR_acetyltransferase	1
EFMA	Устойчивость к ряду соединений	Drug_and_biocide_MFS_efflux_pumps	1
FLOR	Хлорамфеникол	Phenicol_resistance_MFS_efflux_pumps	21
MSRC	MLS (макролиды, линкозамиды, стрептограмины)	MLS_resistance_ABC_efflux_pumps	2
ACI	β-лактамные АБ	Class_A_betalactamases	1
OXA	β-лактамные АБ	Class_D_betalactamases	894
MPRF	Катионные антимикробные пептиды	Defensin-resistant_mprF	4
QACE	Устойчивость к ряду соединений	Drug_and_biocide_SMR_efflux_pumps	2
ERMR	MLS (макролиды, линкозамиды, стрептограмины)	23S_rRNA_methyltransferases	2
SAT	Нуклеозиды	Streptothricin_acetyltransferase	14
SULI	Сульфонамиды	Sulfonamide-resistant_dihydropteroate_synthases	38
MVRC	Устойчивость к ряду соединений	Drug_and_biocide_SMR_efflux_pumps	1
ACRE	Устойчивость к ряду соединений	Drug_and_biocide_RND_efflux_pumps	1
LSAC	Устойчивость к ряду соединений	Multi-drug_ABC_efflux_pumps	1

 

Для каждого из 15 генов, дифференциально представленных между 2 группами пациентов, мы рассчитали их количество и долю от общего числа ридов, приходящегося на все 15 генов (всего 3 200 320). Количество и доля прочтений для каждого из генов в образцах разных групп приведены в табл. 3 и на рис. 4.

 

Рис. 4. Доля прочтений, картировавшихся на каждый из 15 генов, значимо различающихся в представленности между 2 группами больных [красный – прочтения, относящиеся к образцам из группы 2 (тяжелое течение) больных, голубой – прочтения, относящиеся к группе 1 (легкое течение) больных].

Fig. 4. The proportion of readings mapped to each of 15 genes with significantly different representation between two groups of patients [red – readings related to samples from group 2 (severe) patients, blue – readings related to group 1 (mild) patients].

 

Клиническая интерпретация полученных данных

На основании проведенных исследований продемонстрировано, что в группе 1 с более легкой динамикой течения заболевания, без выраженных осложнений выявлено меньшее количество генов АБР, чем в группе 2 с более тяжелым течением заболевания, где отмечалось увеличение генов АБР, среди которых доминировали отдельные 5 генов (SULI, MSRC, ACRE, EFMA, SAT); рис. 5. Вместе с тем мы можем говорить только о найденной тенденции на границе статистической достоверности (p=0,0773).

 

Рис. 5. Медиана количества генов АБР (кумулятивное во всех временных точках) у пациентов с легким (группа 1) и тяжелым течением коронавирусной инфекции (группа 2).

Fig. 5. The median number of antibiotic resistance genes (cumulative at all time points) in patients with mild (group 1) and severe coronavirus infection (group 2).

 

У пациентов с тяжелым течением коронавирусной инфекции (группа 2) отмечалась тенденция к выявлению более высокой медианы количества генов АБР (кумулятивное во всех временных точках), однако без статистической достоверности (см. рис. 5).

Медиана количества генов резистентности оказалась достоверно выше в группе тяжелых пациентов, принимавших АБП (группа 2А): 81,0 (95% ДИ 73,8–84,5) против 51,0 (95% ДИ 31,1–68,4); рис. 6. При этом у части пациентов группы 2 с тяжелым течением заболевания, получавших АБП до прибытия и во время госпитализации в стационар на протяжении 7–10 дней (группа 2АE), количество генов резистентности было значительно выше, чем у пациентов этой же группы, которые принимали АБП только в рамках текущей госпитализации (группа 2АD): 94,0 (95% ДИ 90,5–112,1) против 82,0 (95% ДИ 74,9–90,0); рис. 7.

 

Рис. 6. Медиана количества генов резистентности в группе пациентов, принимавших АБП (группа 2А) и пациентов, не принимавших АБП (группа 2В).

Fig. 6. The median number of resistance genes in patients of group 2A (receiving ABD) and group 2B (not receiving ABD).

 

Рис. 7. Медиана количества генов резистентности в группе пациентов 2АЕ и 2AD.

Fig. 7. The median number of resistance genes in patients of group 2AE and 2AD.

 

На этом основании выдвинута гипотеза о том, что за этот временной промежуток происходит закрепление генов резистентности в микробиоте желудочно-кишечного тракта. На фоне предшествующей «премедикации» такое состояние микробиоты этих пациентов на момент госпитализации в ряде случаев могло приводить к менее выраженному ответу на таргетную терапию в рамках стандартных протоколов лечения в специализированном стационаре.

Вместе с тем во время проведения исследования отмечено, что пациенты группы 2B, не принимавшие АБП как до момента госпитализации, так и во время пребывания в стационаре, все равно имели большее число генов АБР по сравнению с пациентами группы 1, что во многом определялось количеством генов, ответственных за активацию эффлюксных насосов (ACRE, EFMA); рис. 8.

 

Рис. 8. Медиана количества генов множественной лекарственной устойчивости (эффлюксные системы) в контрольной группе 1 и группе 2В.

Fig. 8. The median number of multidrug resistance genes (efflux systems) in control patients group 1 and group 2B.

 

В группе пациентов с тяжелым течением заболевания, не принимавших АБП (группа 2В), среднее количество генов множественной лекарственной устойчивости (эффлюксные системы) оказалось значимо выше, чем у лиц контроля: 47,0 (95% ДИ 46,0–51,2) против 21,5 (95% ДИ 7,0–43,9); см. рис. 8.

Литературные источники не привязывают увеличение этих генов к конкретным АБП, а скорее к общему действию лекарственной терапии.

В группе 2 с более тяжелым клиническим течением COVID-19 пациенты получали до 20 мг ГКС в сутки, для уменьшения рисков венозных тромбоэмболических осложнений (тромбоэмболии легочной артерии, тромбоза глубоких вен) назначали антикоагулянты (гепарин до 7500 ед). Кроме этого, у 6 пациентов на фоне отрицательной динамики респираторных показателей возникла потребность в подключении аппарата искусственной вентиляции легких. Возможно, более интенсивная терапия и высокие дозировки лекарственных препаратов, которые назначали пациентам группы 2, могли повлиять на потребность бактерий приобретать дополнительные гены эффлюксных насосов за счет горизонтального переноса. Таким образом, вместе с ними в составе единой кассеты могла осуществляться передача генов АБР.

Заключение

Настоящее исследование демонстрирует, что в группе с более легкой динамикой течения заболевания выявлено меньшее количество генов АБР, чем в группе с более тяжелым течением заболевания, где отмечалось увеличение генов АБР, среди которых доминировали отдельные 5 генов (SULI, MSRC, ACRE, EFMA, SAT).

Стóит принимать во внимание тот факт, что более интенсивная лекарственная терапия у пациентов с тяжелым течением заболевания может способствовать получению дополнительных генов эффлюксных насосов бактериальной флорой больных в ходе горизонтального переноса генов, что приводит к приобретению генов АБР. Длительное получение лекарственных препаратов, включая антибиотики на протяжении 7–10 дней до момента госпитализации, приводит к менее ощутимому отклику на получаемую терапию из-за сформировавшейся АБР микробиоты таких пациентов.

Раскрытие интересов. Авторы декларируют отсутствие явных и потенциальных конфликтов интересов, связанных с публикацией настоящей статьи.

Disclosure of interest. The authors declare that they have no competing interests.

Вклад авторов. Авторы декларируют соответствие своего авторства международным критериям ICMJE. Все авторы в равной степени участвовали в подготовке публикации: разработка концепции статьи, получение и анализ фактических данных, написание и редактирование текста статьи, проверка и утверждение текста статьи.

Authors’ contribution. The authors declare the compliance of their authorship according to the international ICMJE criteria. All authors made a substantial contribution to the conception of the work, acquisition, analysis, interpretation of data for the work, drafting and revising the work, final approval of the version to be published and agree to be accountable for all aspects of the work.

Источник финансирования. Авторы декларируют отсутствие внешнего финансирования для проведения исследования и публикации статьи.

Funding source. The authors declare that there is no external funding for the exploration and analysis work.

Информированное согласие на публикацию. Пациенты подписали форму добровольного информированного согласия на публикацию медицинской информации.

Consent for publication. Written consent was obtained from the patients for publication of relevant medical information.

Соответствие принципам этики. Исследование подготовлено и проведено в соответствии с законодательными, нормативными, отраслевыми стандартами и приемлемыми этическими требованиями. Протокол исследования был одобрен решением независимого междисциплинарного комитета по этической экспертизе клинических исследований (выписка из протокола №01-21 от 28.01.2021). Одобрение и процедуру проведения протокола получали по принципам Хельсинкской конвенции.

Ethics approval. The study was designed and conducted in accordance with legal, regulatory, and industry standards and acceptable ethical principles. The study protocol was approved by the decision of the Independent Interdisciplinary Committee for Ethical Evaluation of Clinical Studies (extract from Minutes No. 01-21 dated January 28, 2021). The approval and procedure for the protocol were obtained in accordance with the principles of the Helsinki Convention.

Благодарность. Авторы выражают благодарность уважаемым коллегам из Клинического центра COVID-19 ФГБОУ ВО «МГМСУ им. А.И. Евдокимова» за оказанную помощь в проведении исследования.

Gratitude. The authors express their gratitude to our distinguished colleagues from the Clinical Center COVID-19 of the Yevdokimov Moscow State University of Medicine and Dentistry for the assistance provided in the conduct of this study.

About the authors

Oleg O. Yanushevich

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-4293-8465

акад. РАН, д-р мед. наук, проф., ректор, зав. каф. пародонтологии

Russian Federation, Moscow

Igor V. Maev

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6114-564X

акад. РАН, д-р мед. наук, проф., зав. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та

Russian Federation, Moscow

Natella I. Krikheli

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-8035-0638

д-р мед. наук, проф., зав. каф. клинической стоматологии 

Russian Federation, Moscow

Oleg V. Levchenko

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-0857-9398

д-р мед. наук, проф., зав. каф. нейрохирургии и нейрореанимации 

Russian Federation, Moscow

Julia S. Galeeva

Research Institute for Systems Biology and Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6304-4607

мл. науч. сотр. 

Russian Federation, Moscow

Elizaveta V. Starikova

Research Institute for Systems Biology and Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6582-210X

науч. сотр. 

Russian Federation, Moscow

Dmitry N. Andreev

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-4007-7112

канд. мед. наук, доц., доц. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та 

Russian Federation, Moscow

Philipp S. Sokolov

Russian University of Medicine

Author for correspondence.
Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-2813-6498

преподаватель каф. фармакологии лечебного фак-та НОИ «Высшая школа клинической медицины им. Н.А. Семашко» 

Russian Federation, Moscow

Aleksei K. Fomenko

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-1794-7263

преп. каф. фармакологии лечебного фак-та

Russian Federation, Moscow

Mikhail K. Devkota

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-3736-4196

преп. каф. фармакологии лечебного фак-та 

Russian Federation, Moscow

Nikolai G. Andreev

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-5136-0140

канд. мед. наук, доц., доц. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та

Russian Federation, Moscow

Andrew V. Zaborovsky

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-7923-9916

д-р мед. наук, доц., зав. каф. фармакологии лечебного фак-та

Russian Federation, Moscow

Vladimir V. Evdokimov

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-9281-579X

д-р мед. наук, проф. каф. клинической функциональной диагностики

Russian Federation, Moscow

Sergey V. Tsaregorodtsev

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-0254-0516

преп. каф. фармакологии лечебного фак-та 

Russian Federation, Moscow

Elena N. Ilina

Research Institute for Systems Biology and Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-0130-5079

чл.-кор. РАН, проф. РАН, д-р биол. наук, гл. науч. сотр. 

Russian Federation, Moscow

Vadim M. Govorun

Research Institute for Systems Biology and Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-0837-8764

акад. РАН, д-р биол. наук, проф., дир. 

Russian Federation, Moscow

Petr A. Bely

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-5998-4874

канд. мед. наук, доц. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та 

Russian Federation, Moscow

Elena A. Sabelnikova

Russian University of Medicine; Loginov Moscow Clinical Scientific Center

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-7519-2041

д-р мед. наук, проф. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та ФГБОУ ВО «Российский университет медицины», зам. дир. по научной работе ГБУЗ «МКНЦ им. А.С. Логинова»

Russian Federation, Moscow; Moscow

Aleksandr A. Solodov

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-8263-1433

д-р мед. наук, дир. НОИ «Высшая школа клинической медицины им. Н.А. Семашко» 

Russian Federation, Moscow

Sergei V. Cheremushkin

Russian University of Medicine; Central Clinical Hospital «Russian Railways Medicine»

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-0982-2006

канд. мед. наук, доц. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та НОИ «Высшая школа клинической медицины им. Н.А. Семашко» ФГБОУ ВО «Российский университет медицины», зам. гл. врача по терапевтической деятельности ЧУЗ «ЦКБ "РЖД-Медицина"»

Russian Federation, Moscow; Moscow

Rafik I. Shaburov

Russian University of Medicine; Central Clinical Hospital «Russian Railways Medicine»

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-9741-0150

канд. мед. наук, доц. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та НОИ «Высшая школа клинической медицины им. Н.А. Семашко» ФГБОУ ВО «Российский университет медицины», гл. врач ЧУЗ «ЦКБ "РЖД-Медицина"»

Russian Federation, Moscow; Moscow

Anastasia L. Kebina

Russian University of Medicine

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-7570-9650

зам. глав. врача НОИ «Высшая школа клинической медицины им. Н.А. Семашко» Университетской клиники, ассистент каф. терапии, клинической фармакологии и скорой медицинской помощи 

Russian Federation, Moscow

References

Supplementary files