Terapevticheskii arkhivTerapevticheskii arkhivТерапевтический архив0040-36602309-5342LLC Obyedinennaya Redaktsiya29785Editorial articleПередовая статьяDevelopment and evaluation of the kit for detection of SARS-associated coronavirus RNAРазработка и апробация тест-системы для выявления РНК-вируса, вызывающего тяжелый острый респираторный синдромShipulinG AШипулинГ А

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

YatsyshinaS ВЯцышинаС Б

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

ChulanovV PЧулановВ П

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

MarkelovM YuМаркеловМ Ю

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

ShipulinaO YuШипулинаО Ю

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

PodkolzinА ТПодколзинА Т

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

AstakhovaT SАстаховаТ С

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

ShishovaAШишоваA

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Wuchun Cao-

Пекин; Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

Liu Wei-

Пекин; Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

Fan Baochang-

Пекин; Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФНаучно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИДНаучно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИДГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФИнститут микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая15042004794NO4 (2004)ТОМ 79, №4 (2004)253009042020Copyright ©; 2004, Consilium MedicumCopyright ©; 2004, ООО "Консилиум Медикум"2004Consilium MedicumООО "Консилиум Медикум"https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0https://ter-arkhiv.ru/0040-3660/article/view/29785

Aim. To develop a diagnostic kit for detection of SARS (severe acute respiratory syndrome)-related coronavirus RNA based on reverse transcription and polymerase chain reaction and to estimate its specificity and sensitivity. Material and methods. 68 virus and bacterial cultures, 240 clinical samples from people without SARS symptoms and also 22 RNA samples from patients with SARS symptoms received during the epidemic in Beijing were used. Results. The specificity of the kit was determined using animal coronaviruses and other bacterial and viral strains, causing acute respiratory and intestinal infections, and was shown to be 100%. The sensitivity of the kit in different clinical samples was 2.2' Iff genome equivalents of recombinant SARS RNA in I ml of the specimen. The kit was evaluated in the Institute of Microbiology and Epidemiology of Beijing (China) using SARS-cov viral suspension and clinical samples from patients with suspected SARS. It was shown that the kit was able to detect 10 TCID/50 ml of SARS-Cov virus. Testing of clinical samples from patients with suspected SARS showed that diagnostic sensitivity of the kit was 95%. Detection of the SARS-Cov RNA was more effective in feces compared to sputum 990 and 40%, respectively). Conclusion. The kit "AmpliSens SARS" for qualitative detection of SARS-related coronavirus RNA by reverse transcription and polymerase chain reaction (PCR) in nasopharyngeal wash/aspirates, naso/ oropharyngeal swabs, plasma, and extract from feces has been developed in the Central Research Institute for Epidemiology of the RF Ministry of Health. The kit contains reagents for RNA isolation and purification, cDNA synthesis by reverse transcription ofRNA, for PCR and for electrophoretic analysis of amplified products. The kit also contains recombinant positive and internal control samples allowing to control efficiency of analysis and showed good analytical and diagnostic characteristics.

Цель исследования. Разработка тест-системы на основе пояимеразной цепной реакции (ПЦР) для выявления РНК коронавируса, вызывающего тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС), определение ее аналитических и диагностических характеристик. Материалы и методы. В работе использовали 68 вирусных и бактериальных культур 240 образцов клинического материала от людей без симптомов ТОРС, а также 22 образца РНК, полученных от пациентов, поступавших в период эпидемии ТОРС в лечебные учреждения Пекина с диагнозом ТОРС. Результаты. Специфичность тест-системы, определенная с использованием штаммов коронавирусов животных и гетерологичных штаммов вирусов и бактерий, вызывающих острые респираторные и кишечные инфекции, составила 100%. Чувствительность тест-системы во всех рекомендованных видах клинического материала составила 2,2- Iff геномных эквивалентов рекомбинантной РНК вируса ТОРС в 1 мл исследуемого материала, или 10 ТЦД5(/мл вируса ТОРС в вируссодержащей жидкости. Испытания тест-системы на базе Пекинского института микробиологии и эпидемиологии показали, что диагностическая чувствительность тест-системы "АмплиСенс SARS" на клиническом материале от пациентов с предполагаемым диагнозом ТОРС составила 95%. При этом эффективность выявления в образцах фекалий была выше, чем в образцах мокроты (90 и 40% соответственно). Заключение. В ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ разработана тест-система "АмплиСенс SARS" для выявления РНК коронавируса, вызывающего ТОРС, методом обратной транскрипции и ПЦР в смывах из носо- и ротоглотки, мазках из носо- и ротоглотки, фекалиях и плазме крови. Тест-система включает реагенты для выделения РНК из клинического материала, получения кДНК на матрице РНК, проведения амплификации участка генома вируса ТОРС и электрофоретического анализа продуктов ПЦР и содержит рекомбинантные положительный и внутренний контрольные образцы, позволяющие контролировать эффективность проведения анализа. Испытания показали хорошие аналитические и диагностические характеристики тест-системы.

CoronaviridaeCoronaviridaeSARSPCRтяжелый острый респираторный синдромполимеразная цепная реакцияLee N., Hui D. S., Wu A. et al. A major outbreak of severe acute respiratory syndrome in Hong Kong. N. Engl. J. Med. 2003; 348: 1984-1994.Poutanen S. M., Low D. E., Henry B. et al. Identification of severe acute respiratory syndrome in Canada. N. Engl. J. Med. 2003; 348 (20): 1995-2005.Hsu L. Y., Lee С. С., Green J. A. et al. Severe acute respiratory syndrome in Singapore: clinical features of index patient and initial contacts. Emerg. Infect. Dis. 2003; 9 (6): 713-717.Murra M. A., Jones S. J. M., Astell С. R. et al. The genome sequence of the SARS-associated coronavirus. Science 2003; 300: 1399-1404.Uo L. K., Godeke G. J., Raamsman M. J. B. et al. Retargeting of coronavirus by substitution of the spike glycoprotein ectodomain: Crossing the host cell species barrier. J. Virol. 2000; 74 (3): 1393-1406.Virus taxonomy. Classification and nomenclature of viruses / van Regenmortel M. H. V. et al. New York: Academic Press; 2000.Rota P. A., Oberste M. S., Monroe S. S. et al. Characterization of a novel coronavirus associated with severe acute respiratory syndrome. Science 2003; 300: 1394-1399.Poland A. M., Vennema H., Foley J. E. et al. Two related strains of feline infectious peritonitis virus isolated from immunocompromised cats infected with a feline enteric coronavirus. J. Clin. Microbiol. 1996; 34 (2): 3180-3184.Peiris J. S. M., Chu С. М., Cheng V. С. С. Clinical progression and viral load in a community outbreak of coronavirus-associated SARS pneumonia: a prospective study. Lancet 2003; 36): 1767-1772.Worobey M., Holmes E. C. Evolutionary aspects of recombination in RNA viruses. J. Gen. Virol. 1999; 80: 2535-2543.Banner L. R., Lai M. M. Random nature of coronavirus RNA recombination in the absence of selection pressure. Virology 1991; 185 (1): 441-445.Boom R., Sol С. J. A., Salimans M. M. M. et al. Rapid and simple method for purification of nucleic acides. J. Clin. Microbiol. 1990; 28: 495-503.